Proses ekstraksi RNA merupakan proses yang sangat penting dan sangat menentukan keberhasilan analisis RNA. Analisis RNA dapat digunakan untuk menganalisis ekspresi gen, maupun untuk mendeteksi adanya agen infeksius berdasar RNA seperti HIV, HBV, MERS-COV dan juga virus penyebab COVID-19, SARS-COV2.
Sebelum kita melakukan ekstraksi RNA, kita harus memahami dulu bagaimana sih konsep dan langkah-langkah yang dilakukan dalam ekstraksi RNA. Dalam artikel ini, kami akan membahas tentang konsep dan gambaran umum mekanisme langkah kerja yang dilakukan dalam ekstraksi RNA.
Ribonucleic Acid atau asam ribonukleat atau yang sering disingkat RNA merupakan bagian dari materi genetik yang terdapat di dalam sel (nucleus, nucleolus, sitoplasma, ribosom, mitokondria, kloroplas, dan reticulum endoplasma) dan di eksosom yang berfungsi untuk komunikasi antar sel. Terdapat berbagai macam RNA, di antaranya adalah Messenger RNA (mRNA), Ribosome RNA (rRNA), Transfer RNA (tRNA), Micro RNA (miRNA), Small interfering RNA (siRNA), PIWI-interacting RNA (piRNA), Small nucleolar RNA (snoRNA), Small nuclear ribonucleic acid (snRNA) dan Long non-coding RNA (lncRNA).
Berikut ini adalah 3 langkah dasar untuk melakukan ekstraksi RNA.
1. Disruption/lysis dan Homogenisasi
Tahap ini merupakan proses yang dilakukan untuk merusak dinding/membrane sel atau lapisan yang melindungi RNA, Setelah lapisan yang melindungi RNA sudah rusak maka semua komponen dan RNA akan tercampur dan campuran tersebut perlu dihomogenkan, Jika proses ini tidak tuntas maka jumlah RNA yang terekstraksi dapat terpengaruh. Lysis bisa dilakukan dengan 3 metode yaitu mekanik, enzimatik, dan kimiawi.
2. Purifikasi/Pemurnian
Setelah RNA homogen dengan komponen-komponen lain kemudian RNA perlu dipisahkan/dimurnikan dari komponen lain. Pemurnian ini bisa memakai 2 cara berbeda yaitu pengendapan (biasanya memakai phenol/chloroform, ethanol seperti pada gambar 1) atau pengikatan (bisa pada membrane yang biasa disebut spin column seperti pada gambar 2 dan bisa menggunakan magnet seperti pada gambar 3).
3. Analisis Kualitas dan Kuantitas Isolat RNA
Setelah isolat RNA kita dapatkan, kita perlu memastikan kualitas dan kuantitas isolat yang kita dapatkan. Analisis kualitas dapat dilakukan menggunakan elektroforesis. Selain menggunakan elektroforesis, analisis kualitas dan kuantitas isolat RNA dapat juga dilakukan dengan menggunakan sistem spektrofotometer seperti mesin Nanodrop. Namun untuk memastikan keutuhan RNA, sebaiknya elektroforesis tetap dilakukan.
Nah, setelah RNA berhasil kita isolasi dan sudah dipastikan kualitas dan kuantitasnya memadai, kita bisa proses isolat RNA ke tahapan yang selanjutnya. Isolat RNA dapat disimpan untuk jangka pendek di dalam freezer -20°C, pada jangka panjang di dalam freezer -80°C, atau akan lebih aman dan awet apabila disimpan dalam bentuk yang sudah diubah menjadi cDNA.
Semoga berhasil eksperimennya!
Comments